La Contraloría General de la República detectó presuntas irregularidades por $5.640 millones en la Superintendencia Nacional de Salud durante 2023. Entre los 13 hallazgos administrativos, 4 tienen posible alcance fiscal, 7 son disciplinarios y 2 presentan otras incidencias.
Los problemas incluyen deficiencias en el flujo de recursos de las EPS hacia el Sistema General de Seguridad Social en Salud, como la prórroga de la medida de vigilancia especial sobre la EPS indígena Dusakawi sin mejoras en la gestión. También se encontraron irregularidades en la asignación de agentes interventores y en la contratación de un sistema de gestión de documentos electrónicos.
Entre los hallazgos financieros destacan pérdidas por $49 millones relacionadas con la custodia de bienes, cobros inoportunos de incapacidades y licencias de maternidad por $72 millones, y la pérdida de derechos de cobro por $139 millones en el Hospital Universitario Cari de Barranquilla. Además, se encontraron deficiencias en la contratación de un sistema de gestión de documentos electrónicos por $5.379 millones.